為適應我國經濟結構戰略性調整的要求和軟件產業發展對人才的迫切需要，實現我國軟件人才培養的跨越式發展，教育部和國家發展計劃委員會以教高[2001]6號文正式批準北京大學等35所高等學校試辦示范性軟件學院，根據文件精神，北京大學經2002年3月15日第451次校長辦公會研究，決定成立“北京大學軟件學院”。

　　根據教育部、科技部教高[2003]2號文件：關于批準在北京大學建立“國家集成電路人才培養基地”的精神，北京大學經2004年4月20日第531次校長辦公會研究決定，將“北京大學軟件學院”與“北京大學國家集成電路人才培養基地”結合，“北京大學軟件學院”更名為“北京大學軟件與微電子學院”。

　　2006年2月21日，教育部高等教育司以教高司函[2006]29號批復成立北京大學軟件與微電子學院無錫產學研合作教育基地，根據無錫市和長江三角洲地區產業發展的需要和對IT人才的需求，依托北京大學的綜合學科優勢和信息學科優勢、無錫市和長江三角洲的區域產業優勢，無錫產學研合作教育基地將其建設目標和主要任務定為四個層面：培養實用型、復合交叉型高端人才；深入開展繼續教育項目；面向企業發展需求，深入開展應用研究；根據地方產業發展規劃，促進高新技術企業的孵化。

　　2003年12月，在教育部組織的對全國35所示范性軟件學院中期評估中，北京大學軟件學院綜合評比排名第一，被譽為“示范中的示范”；2004年11月9日，學院榮獲“北京大學教學成果一等獎”；2004年12月9日，榮獲“北京市高等教育教學成果一等獎”；2005年9月，榮獲高等教育“國家級教學成果一等獎”；2006年，北京大學軟件與微電子學院順利通過了教育部組織的示范性軟件學院的驗收評估，評估結果為“綜合排名第一”。

　　北京大學軟件與微電子學院按照北京大學建設世界一流大學的總體規劃，按新模式建立、新機制運行的北京大學的新型學院，學院實行理事會領導下的院長負責制，探索多途徑合作辦學的管理體制與運行機制，與國內外企業合作，拉動社會資金投入，實行運作企業化、辦學專業化和后勤社會化，實現培養高層次、實用型、復合交叉型、國際化人才的目標。北京大學軟件與微電子學院秉承北京大學“民主科學、兼容并蓄”的傳統，堅持北大“勤奮、嚴謹、求實、創新”的學風，以堅持創新創業、堅持面向需求、堅持質量第一為建院宗旨。

　　學院于2002年3月成立至今，已初步形成了一個學院（北京大學軟件與微電子學院）、兩個學科（軟件工程學科、集成電路設計與工程學科）、四個基地（國家軟件人才國際培訓（北京）基地、國家集成電路人才培養基地、軟件工程國家工程研究中心北京工程化基地、北大軟件與微電子學院無錫產學研合作教育基地）的綜合性軟件與微電子人才培養實體。目前，學院以培養軟件工程、集成電路工程、項目管理、電子與通信工程4個領域的工程碩士為主體。學院以脫產、在職的培養方式，發展至今，形成了每年可為國家培養1000名左右的工程碩士研究生的規模。