學院的辦學歷史溯源于1902年張謇先生創辦的通海農學堂之農科。1952年全國高校院系調整，南通學院農科及江南大學(建于1946年)農藝專業組建而成蘇北農學院農學專業，下設植物保護方向。1971年蘇北農學院和遷揚辦學的南京農學院(今南京農業大學)合并組建江蘇農學院，下設植物保護專業，后成立植物保護系，1972年起招收大學普通班學生，1979年起招收本科生，1990年獲批昆蟲學碩士點。1992年，江蘇農學院等駐揚的六所高校合并為揚州大學，下設農學院植物保護系。2006年，學校將植物保護系和園藝系從農學院劃出設立園藝與植物保護學院。2022年，學校設立植物保護學院。辦學以來，先后有吳達璋、李清銑、林冠倫、習學、姚德生、戴志一、陸自強等老一輩專家教授在學院工作，積淀了深厚的學術底蘊和堅實的發展基礎。

　　學院現有植物保護、生態學2個本科專業，其中植物保護專業是國家級一流本科專業建設點、國家卓越農林人才培養計劃改革試點專業、江蘇省品牌專業。學院下設植物病理學系、昆蟲學系、農藥學系、和生態學系4個系，現有專任教師60余人，其中教授(研究員)17人，副教授(副研究員)16人，博士生導師13人，45歲以下專任教師100%具有博士學位。師資隊伍中有國家產業技術體系崗位專家、江蘇省“333高層次人才培養對象”、江蘇省“六大人才高峰”、江蘇省高校“青藍工程”培養對象、江蘇省雙創團隊成員和雙創名師等。

　　學院擁有植物保護一級學科博士學位授權點和一級學科博士后流動站，植物保護學科是江蘇省“十三五”“十四五”重點學科;生態學為二級學科碩士點、揚州大學重點學科。“十三五”期間，學院教師先后主持和承擔國家自然科學基金項目、國家重點研發計劃課題、國家轉基因重大專項、國家科研平臺建設項目、國家公益性行業科技專項、教育部、農業部和江蘇省重大、重點科研項目160多項，累計到賬科研總經費達6000余萬元，獲國家科技進步二等獎1項，省部級科技成果獎8項，授權發明專利30多項，在Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America, Annual Review of Entomology, Advanced Materials, Genome Biology, New Phytologist等期刊發表高水平論文300余篇，出版各類著作5部。

　　學院獲江蘇省教學成果一等獎2項，《昆蟲學》《園藝昆蟲學》《園藝植物病理學》等課程先后獲評國家級精品課程、國家精品資源共享課、省重點在線課程、省級一流本科課程等。教師主編的《農業植物病理學》《園藝昆蟲學》《園藝植物病理學》教材獲批農業農村部“十三五”高等學校重點教材、江蘇省高等學校重點教材;教師榮獲全國植物病理學會青年教師比賽一、二等獎、揚州大學本科教學“金講臺獎”等。學生榮獲中國國際“互聯網+”大學生創新創業大賽銀獎、全國“挑戰杯”大學生課外學術科技作品競賽、江蘇省大學生創業計劃競賽金、銀、銅獎，全國高校大學生植物保護專業能力大賽團體特等獎、團體一等獎等。近年來，本科生就業率、考研錄取率穩定在98%和60%以上，其中赴國內外知名學府如斯坦福大學、哥倫比亞大學、浙江大學、中國農業大學攻讀研究生的比例達30%。本科畢業生的就業去向主要有各級海關、農業農村部、中國農業科學院、地方農業農村局、跨國公司及大型國企等。畢業校友中有全國勞動模范、中國青年五四獎章獲得者、何梁何利科技創新獎獲得者、和國家杰出青年科學基金獲得者等杰出校友。

　　學院深入開展校地、校企合作，參加江蘇省科技特派員等專項活動，聯合江蘇農墾等單位服務農業生產，推廣的病蟲草害綠色防控等技術應用面積達100余萬畝，推動地方增收逾20億元。學院獲批的農業農村部農藥登記試驗平臺、組建的城市有害生物防治團隊，為行業技術研發和地方經濟社會發展提供了有力的支撐。

　　學院與美、加、澳、英、德等10多個國外大學和研究機構保持良好的合作關系，聯合進行本科生國際交流、研究生培養。多次承辦國際和全國性學術會議，近年來100多名國內外學者應邀來校開展學術交流。創建全英文課程《資源利用與植物保護技術進展》，搭建了包括美國康奈爾大學等國際知名大學優質師資在內的教學互動在線平臺，為拓寬學生國際視野、學習掌握植物保護前沿知識提供了有力保障。

　　立足新起點，奮進新征程!學院將緊緊圍繞立德樹人根本任務，堅持以學科建設為龍頭，以專業建設為基礎，以培養一流人才為目標，持續加強優質育人資源建設，構建緊密對接產業鏈、創新鏈的學科專業體系，全面塑造學院原始創新、集成創新、交叉創新的新質態，為建設“國內一流、國際知名、特色鮮明的高水平學院”而努力奮斗!(2023.3)