植物保護學院圍繞學科領域發展前沿，立足國家和區域建設人才及技術需求，以創新有害生物安全控制理論和技術為主線，同時遵循“明德崇智、厚樸篤行”的校訓精神，本著“把論文寫在大地上”的總體思路，力爭建成我國重要的、具有東北地域特色的植物保護人才培養、科學研究及社會服務基地。

　　植物保護學院下設植物保護、應用生物科學2個本科專業。

　　植物保護專業創建于1959年，是學校設立最早的專業之一，構建了以專業課教學實習、畢業論文設計與生產實踐“三位一體”的綜合實踐教學模式，形成了具有特定內容與特點的“產學研一體化人才培養模式”。植物保護專業是國家首批“卓越農林拔尖創新型人才教育培養計劃改革試點”專業和“專業綜合改革試點”專業，吉林省首批高等學校本科品牌專業和“十二五”本科特色專業。

　　應用生物科學專業是李玉院士領導下創建的新興特色專業，2007年申請成立，2009年批準招生，是我國第一個以菌類作物為特色的全日制本科專業，經過多年的教學實踐，已建設形成“點-線-面”結合的專業人才培養體系，是區域經濟建設服務和“三農”服務培養專業人才的重要專業。