2016年7月，學校對原醫(yī)學院進行重組，基礎醫(yī)學院成立。2020年11月，學院更名為基礎醫(yī)學與公共衛(wèi)生學院。學院下設黨政辦公室、基礎醫(yī)學學科建設管理中心、教學改革與教師發(fā)展中心和公共衛(wèi)生與預防醫(yī)學系。設有人體解剖學系、組織學與胚胎學系、生理學系、醫(yī)學生物化學與分子生物學系、微生物學與免疫學系、病原生物學系、病理學系、病理生理學系、藥理學系、系統(tǒng)生物醫(yī)學系10個學術(shù)系以及流行病學、衛(wèi)生毒理學、環(huán)境衛(wèi)生學、醫(yī)學統(tǒng)計學、醫(yī)學信息學、醫(yī)學心理學與行為科學、營養(yǎng)與食品衛(wèi)生學7個教研室；暨南大學分子醫(yī)學病毒研究所、暨南大學康泰生物疫苗產(chǎn)業(yè)研究院/疾病預防控制研究院，血液學研究所、眼科學研究所（國際眼表疾病協(xié)同研究中心）、腫瘤精準醫(yī)學和病理研究所、老年免疫學研究所、醫(yī)保大數(shù)據(jù)研究所，國家中醫(yī)藥管理局病理生理重點實驗室、胚胎發(fā)育與圍產(chǎn)醫(yī)學國際合作聯(lián)合實驗室，田家炳醫(yī)學實驗研究中心、廣東省小核酸藥物開發(fā)工程技術(shù)研究中心等11個研究機構(gòu)。

　　學院現(xiàn)有臨床醫(yī)學和預防醫(yī)學本科專業(yè)各1個，臨床醫(yī)學專業(yè)為國家一流本科專業(yè)建設點，入選教育部、衛(wèi)生部共同組織實施的“卓越醫(yī)生教育培養(yǎng)計劃”；擁有基礎醫(yī)學、公共衛(wèi)生與預防醫(yī)學2個一級碩士學位授權(quán)點和公共衛(wèi)生專業(yè)碩士（MPH）學位授權(quán)點，基礎醫(yī)學一級博士學位授權(quán)點和基礎醫(yī)學博士后流動站。病理學和血液病學為國務院僑辦重點學科，病理學與病理生理學、免疫學為廣東省重點學科。學院有廣東省基礎醫(yī)學教學示范中心1個，形態(tài)學實驗教學中心、機能實驗教學中心2個教學實驗平臺，以及多門國家級雙語示范課程、省級精品課程、一流課程；學院是國家衛(wèi)生計生委、教育部共建的重點醫(yī)學院校之一。

　　學院現(xiàn)有在編在崗教職工171人，合同制員工24人，其中正高職稱43人，副高職稱63人，博導36人，碩導75人。國家級人才3人，“千百十”人才工程省級培養(yǎng)對象、珠江學者、國家外專等人才16人次。

　　目前全院在研各類科研基金164項，在研課題經(jīng)費6467萬元。自2016年至今獲批國家自然科學基金、廣東省自然科學基金、廣州市科技計劃項目、其他省級項目以及橫向課題在內(nèi)的各類科研項目257項，總經(jīng)費1.1313億元；學院教師申請專利69項。學院教師發(fā)表論文1000余篇，具有代表性的高水平論文8篇。2018年獲批廣東省“珠江人才計劃”引進創(chuàng)新創(chuàng)業(yè)團隊項目1項，經(jīng)費2000萬元。2018至2021年獲批國家重點研發(fā)計劃項目8項、國家自然科學基金重大項目1項和國家自然科學基金聯(lián)合基金項目2項，總經(jīng)費3126.1萬元。學院與美國、英國、澳大利亞、德國、瑞典、波蘭等多個國家和地區(qū)的高等院校或科研院所開展科研合作和學術(shù)交流，2016年至今有包括長江學者、國家優(yōu)秀青年，國家杰出青年在內(nèi)的國內(nèi)外200余位學者來我院開展學術(shù)報告。

　　學院現(xiàn)有在校生1389人。其中，博士59人（含外招生3人），碩士375人（含外招生10人），本科生955人（含外招生341人）。在國家“雙一流”大學建設和廣東省高水平大學建設的機遇下，我院僅僅圍繞立德樹人的根本任務，堅持以國家衛(wèi)生事業(yè)發(fā)展和社會需求為導向，面向醫(yī)療衛(wèi)生大健康行業(yè)，堅持提升醫(yī)學生職業(yè)勝任力的教育方向，聚焦卓越醫(yī)學人才培養(yǎng)目標，構(gòu)建德智體美勞全面發(fā)展的高水平人才培養(yǎng)體系與“三全育人”的醫(yī)學思政教育體系。近年來多名學生在全國大學生創(chuàng)新創(chuàng)業(yè)年會、全國高等醫(yī)學院校大學生臨床技能大賽、“挑戰(zhàn)杯”全國大學生課外學術(shù)科技作品競賽、中國國際“互聯(lián)網(wǎng)+”大學生創(chuàng)新創(chuàng)業(yè)大賽、全國大學生基礎醫(yī)學創(chuàng)新研究暨實驗設計論壇全國總決賽等獲得獎勵。